工业水污染治理能力不足。太仓市目前共有177家排放工业废水的工业企业，其中69家接管工业污水处理厂，67家接管城镇污水处理厂，37家外排入河。目前仅港区内建有1座工业污水处理厂(港城组团污水处理厂，2020年稳定达标排放)，且接管企业均为港区化工园内的工业企业，其余区镇均缺乏配套的工业污水处理厂，需依托城镇污水处理厂处理或外排入河，增加了城镇污水处理厂的处理负荷和对外环境的直接影响。因此，区域内存在工业废水集中处理能力不足的问题，需进一步加强建设和管理，提升处置能力，确保工业废水处理到位。
农业面源污染问题仍然存在。太仓市农业面源污染方面主要存在以下问题：(1)种植业污染问题。太仓市2019年耕地面积20630公顷，其中旱田6020公顷，水田14610公顷，主要分布在沙溪镇、太仓港区(浮桥镇)等。根据《太仓市太湖流域总磷溯源专题研究报告》，平水年太仓市入河总磷负荷主要来源于面源，占总负荷的79.6%，其中种植业(水田)污染是太仓市面源污染中总磷的主要污染来源，占比34.3%，其次为种植业(旱田)，占比22.7%。由此可见种植业污染问题在太仓市仍比较突出。种植业总磷主要来自农户施用的化肥，部分散户农田比较分散、缺乏规整，部分农田退水直接通过暗沟排入河中，未采取农田氮磷拦截措施。(2)水产养殖问题。总结太仓市多年来水产养殖污染减排措施的执行效果，尚存在尾水净化区配置不全面、尾水净化法缺乏针对性、尾水净化力发挥不充分、尾水外排时监管难到位等问题。目前全市水产养殖面积1.67万亩，其中虾蟹等特种水产养殖面积约1.5万亩，占比约90%。2011-2020年以来共完成养殖池塘高标准改造面积9200亩，尚有7个区镇的7500亩池塘未完成高标准改造。此外，池塘内水质往往优于水源水质，但冬季清塘时水质不良也会影响到外源水质，且尚有散户养殖区域未流转水面设立净化区。
水环境监测监管能力不足。太仓市水环境监测监管方面仍存在以下问题：(1)水环境监管精细化水平有待提高。进入“十四五”时期，太仓市国、省考断面数量由6个增加到12个，考核数量大幅增加，考核点位也相应增加，考核压力加大。但对断面水质影响较大的主要支流、污染区域等污染来源尚未摸清，断面水污染防治责任未有效传导至镇级或主要排污区域，水环境监管仍较粗放。(2)水环境监测监控能力有待提升。目前全市共有水环境质量监测站点17个，基本覆盖饮用水源地、国、省控断面及主要河湖关键点位，但是对影响国省控断面水质的支流支浜覆盖率不足。监测指标目前主要关注水质指标，缺乏流量、流向监测数据，无法及时研判污染来源和扩散方向，且在水生态方面也未开展系统的监测。此外，监测监控信息化平台的集成水平不高，部门之间的生态环境数据共享机制有待完善。
二、河湖水生态系统亟待整体修复
“十三五”期间，太仓市水生态环境治理取得了一定的成效，但是仍存在河湖水生生物多样性不足，生态系统受损等问题。河湖水生态修复是一个漫长的过程，目前我市的水生态系统修复尚处在初级阶段，河湖良性的保护与利用体系还未形成，在滨岸带生态系统的调查和保护、河湖水生态系统结构的调查和优化等方面相对薄弱，存在基础信息和科技支撑不够、水生态监测系统性不强、生态清淤后续淤泥资源化利用、河湖生态水位、水生态修复等关键技术和机理研究不足等问题，生态功能修复推进进度较缓，水生态良性循环任重道远。因此，亟需加强全市河湖的生态治理，在水质达标的同时，改善河湖生境，恢复河湖水生态，增强人民群众对水质改善的获得感。
三、沿江水环境风险防控
太仓港区建有临江产业集聚区和港口物流先导区，全区共引进各类内外资项目630多家，是长三角地区石化原料仓储中转基地，建成大小各类泊位52个，其中万吨级以上泊位28个，辖区内3家危化品码头共计16个泊位。沿江化工企业和码头众多，存在化学品泄漏风险，对饮水水源地、生态湿地等重要环保敏感区域的水环境管理和风险防控产生较大压力。此外，上游污水下泄、交通运输特别是水上交通运输的易燃易爆品、石化产品、有毒有害危险品进入长江，极易引发水污染事故。
第二章 指导思想、基本原则、主要目标
第一节 指导思想
坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，全面贯彻党的十九大和十九届二中、三中、四中、五中全会精神，深入落实习近平生态文明思想和习近平总书记对江苏、对苏州工作系列重要讲话指示精神，紧紧围绕“五位一体”总体布局和“四个全面”战略布局，牢固树立绿水青山就是金山银山的理念，紧扣“现代田园城、幸福金太仓”发展愿景，深刻把握“争当表率、争做示范、走在前列”总体要求，面向“美丽太仓”建设目标，突出流域特色，以水环境质量为核心，深入打好水污染防治攻坚战，以河湖为统领，污染减排和生态扩容两手发力，统筹水环境、水生态、水资源等要素，坚持问题导向，突出精准治污、科学治污、依法治污，不断提升治理体系和治理能力现代化水平，持续改善水生态环境质量，促进经济社会发展全面绿色转型，努力打造长江经济带绿色发展示范带，为实现2035年美丽太仓建设目标奠定良好基础。
第二节 基本原则
——生态优先，绿色发展。牢固树立“绿水青山就是金山银山”理念，围绕长三角一体化、长江经济带、“一带一路”等重大战略决策部署，注重保护与发展的协同性、联动性、整体性，以水定城、以水定地、以水定人、以水定产，促进经济社会发展与水资源水环境承载能力相协调，以高水平保护引导推动高质量发展，不断提升经济社会发展的“绿色含量”。
——以人为本、可观可感。坚持以人民为中心，积极回应群众关切，顺应群众对美丽河湖的向往，统筹城乡环境治理和改善农村人居环境，着力解决人民群众关心的水生态环境问题，不断提供更多优质的水生态产品，能够持续满足人民群众景观、休闲、垂钓、游泳等亲水需求，不断增强人民群众获得感、幸福感、安全感。
——系统谋划，彰显特色。坚持“山水林田湖草生命共同体”理念，从生态系统整体性和流域系统性出发，以水生态环境质量目标为导向，强化山水林田湖草等各种生态要素的协同治理，以河湖为统领，统筹水环境、水生态、水资源，增强各项举措的关联性和耦合性。彰显苏州特色，切实维护自然山水和人居风貌，打造诗意栖居、梦里水乡的美丽城市。