(五) 瓯江 12 小旦 523.34
钱塘江水系 (六) 乌溪江 13 龙鼻头 1757.75
(七) 灵山港 14 马戍口 350
(八) 新建溪 15 章店* 280.6
闽江水系 (九) 松源溪 16 松溪岩下 925.48
赛江水系 (十) 八炉溪 17 鱼条漈 243.3
飞云江水系 (十一) 樟坑 18 章坑 161.92
注：*章店断面目标考核为金华市
(一)瓯江流域
瓯江水系为丽水境内主干水系，也是浙江省第二大河。瓯江主流在丽水市大港头镇以上河段称龙泉溪，为上游段;自大港头至青田县湖边村河段称大溪，为中游段;自湖边村至河口段称瓯江，为下游段。“十四五”期间，丽水境内瓯江流域共设置小梅桥上、临江、紧水滩水库近坝、均溪、松阳二中、堰后、风化、小溪口、石门洞等12个国控断面。
1、龙泉溪
龙泉溪位于瓯江上游，源出洞宫山区锅帽尖西北麓，东北流经龙泉、景宁、云和等县。共划分为4个断面汇水范围，设有4个国控断面，由上至下分别为小梅桥上、临江、紧水滩水库近坝、均溪。
“十三五”期间，龙泉溪流域部分城镇和工业园区污水处理能力还存在缺口，部分城镇截污纳管不到位，“污水零直排区”建设整体水平不高;部分农污处理终端运行效率低，农污工程未能达到预期的效果;饮用水水源地保护仍需加强;不锈钢等行业污染较为突出;云和湖(紧水滩水库)水生态环境保护仍需加强。
“十四五”期间，龙泉溪流域重点实施城镇和工业园区污水处理设施建设，加快城中村、老旧城区、城乡结合部等区块管网建设，推进“污水零直排区”建设;加快推进农村生活污水处理设施建设和提升改造，加大农村生活污水处理设施标准化运维力度;加强饮水安全保障，实施均溪水源地规范化建设、推进雾溪水库周边生态治理，加强“千吨万人”饮用水水源地保护，实施农村饮用水提标达标工程;开展不锈钢等行业整治;深入实施云和湖(紧水滩水库)生态环境保护总体实施方案;推进龙泉市水生态环境示范试点县建设，探索源头地区水生态保护修复。
2、松阴溪
松阴溪古称松川，位于浙江省西南部，是瓯江上游主要支流。其发源于遂昌、龙泉两县边境的北园，河流自西南向东北流经垵口乡、遂昌县城后转而折向东南，自资口进入松阳县，在丽水市大港头镇与龙泉溪汇合，汇入瓯江中游大溪。共划分2个断面汇水范围，设有2个国控断面，由上至下分别为松阳二中、堰后。
“十三五”期间，松阴溪流域生态流量保障不足;不锈钢等行业污染较为突出;基础设施存在短板;农业农村污染较为严重;饮用水水源地规范化建设不到位。
“十四五”期间，松阴溪流域重点实施水电站生态化改造、水系连通工程、上下游联合调度、推广农业节水技术、流域综合治理等方式保障松阴溪生态流量;持续推进不锈钢等行业污染防治;加快污水处理收集设施建设，推进“污水零直排区”建设，补齐基础设施短板;深化“肥药两制”改革，减少茶叶等特色农业化肥农药施用量，实施农村污水处理设施运维标准化提升、农村生活垃圾分类，提升农村生活污染治理水平;推进遂昌县成屏电站一级水库规范化建设。
3、大溪
上游龙泉溪在莲都大港头汇松阴溪后称大溪，折东北流，西坑至右岸注入，流至港口，宣平溪自左岸注入，折东北流至敏河，小安溪自左岸注入，东流折北经丽水市，复东流至厦河、古城，好溪自左岸注入，折东南流入青田境内，纳官庄源、祯埠港、海溪、雄溪、冲坑水、芝溪、石盖源水后，折东至船寮，纳船寮港，折南流至湖边村，小溪自右岸汇入。共划分为2个断面汇水范围，设有2个国控断面，由上至下为别为风化、石溪(石门洞)。
“十三五”期间，大溪流域部分污水处理设施建设滞后、污水管网收集系统不健全、老旧城区基础设施欠账仍然较多，“污水零直排区”建设整体水平不高，导致城市内河水质改善缓慢;南明湖夏秋季节存在藻类异常增殖现象;部分农污处理终端运行效率低，农污工程未能达到预期的效果;化肥农药施用强度偏高，农业面源污染严重;电镀等行业污染较为突出;饮用水水源地保护仍需加强;青田鼋省级自然保护区仍需加强保护。
“十四五”期间，大溪流域重点实施城镇污水处理设施建设、对已建成的“污水零直排区”实施“回头看”工作、补齐老旧城区基础设施欠账，推进城市内河岸上控源截污工作，通过内河补水，提升河流自净能力，逐步改善内河水质;加强南明湖藻类防控工作，实施南明湖水生态保护与修复工程;深化“肥药两制”改革，减少化肥农药施用量，实施农村污水处理设施提标改造，强化农业农村污染防治;持续推进电镀、合成革等涉水行业污染治理;加快黄村水库缓冲拦截带试点建设任务，及时启动潜明水库保护区划分工作，加快推进潜明水库水源保护及生态修复;加强浙江省青田县鼋省级自然保护区保护。
4、小溪
小溪是瓯江最大支流，发源于庆元县大毛峰山麓，自西向东北流经县境汇入滩坑水库，贯穿景宁全县，在九龙乡岳口村进入青田县，在青田县城上游湖边与大溪汇合形成瓯江。共划分为3个断面汇水范围，设有3个国控断面，由上至下分别为沙湾上、外舍和小溪口。
“十三五”期间，小溪流域部分城镇污水处理能力存在缺口;大量小水电生态流量泄放不到位;新田坑青田水源地、千峡湖保护仍需加强。
“十四五”期间，小溪流域重点实施外舍污水处理厂二期扩容及提标改造工程，补齐处理能力短板;加强小水电管控，健全生态流量监测和保障机制，推进生态流量按标泄放;加强小溪流域综合治理，保障新田坑青田水源地饮水安全;景宁县和青田县要加强上下游联动，共同推进千峡湖生态环境保护;继续实施景宁县水系连通及农村水系综合整治试点县项目。
5、瓯江(丽水市域内)
瓯江是大溪和小溪在湖边汇合后的江河，在湖边起始，流经鹤城、温溪，在花岩头出境入永嘉境内至温州入东海。共划分为1个断面汇水范围，设有小旦1个国控断面。
“十三五”期间，瓯江流域部分城镇雨污分流不彻底、截污纳管不到位，“污水零直排区”建设质量不高;船舶港口污染突出;钼矿污染较为严重;洄游性鱼类基本消失，水生生物多样性下降。
“十四五”期间，瓯江流域主要通过截污纳管、推进乡镇“污水零直排”建设和加强船舶港口管理，控制污染物排放，确保小旦断面完成氮磷浓度控制目标;持续推进钼矿行业污染整治，确保废水达标排放;持续开展水生生物增殖放流，逐步恢复土著鱼类。
(二)钱塘江流域
钱塘江水系在丽水境内有乌溪江上游、灵山港上游和金华江支流白沙溪、武义江上游南溪河段，是瓯江水系后丽水境内的第二大水系。“十四五”期间，丽水境内钱塘江流域共设置乌溪江和灵山港2个国控断面。